Zakład Mikrobiologii Molekularnej

KIEROWNIK

prof. dr hab. Dagmara Jakimowicz

PRACOWNICY

DOKTORANCI

(pokoje 2.24, 2.25, 3.18)

mgr Katarzyna Pawlikiewicz
mgr inż. Marta Derkacz
mgr Patrycja Wadach
mgr Jakub Mikołajczyk
mgr Anna Musiolik
mgr Kamil Sobarnia
mgr Kinga Klich
mgr Elżbieta Kryska
mgr Dominik Bania
mgr Diana Valietova

TEMATYKA BADAŃ

Nasze badania dotyczą bakterii należących do promieniowców Streptomyces i Mycobacterium. Badamy:

replikację chromosomów i regulację tego procesu przez zmianę topologii chromosomów;
mechanizmy segregacji chromosomów, w szczególności rolę systemu ParAB;
koordynację cyklu komórkowego, w tym synchronizację segregacji chromosomów z podziałem komórki i wydłużaniem komórki;
regulację ekspresji genów – głównie rolę topologii chromosomów i regulatorów transkrypcyjnych;
procesy morfogenezy i wzrostu wierzchołkowego komórek;
biosyntezę antybiotyków i aktywację “uśpionych” szlaków metabolitów drugorzędowych.

WYPOSAŻENIE NAUKOWE

Termocyklery Real Time PCR – StepOnePlus (Applied Biosystem), Eco Real-Time PCR System (Illumina)
Komora do nastawiania reakcji Real Time PCR – Aura PCR (Bioair / Euroclone)
Komory laminarne – BIO60 (Faster), Mars Safety Class 2 (ScanLaf)
Inkubatory do hodowli bakteryjnych – Excella E-24R (New Brunswick Scientific), Infors HT Multitron, Binder CO2 incubator (Binder)
Spektrofotometr do analizy wzrostu drobnoustrojów w czasie rzeczywistym – Bioscreen C
System do analizy wzrostu biomasy w czasie rzeczywistym w kolbach – Cell Growth Quantifier (CGQ, SBI aquila biolabs)
Czytnik płytek – Infinite M Plex (Tecan)
Mikroskopy fluorescencyjne odwrócone – Delta-Vision Elite z systemem mikroprzepływowym CellASIC ONIX
Mikroskop fluorescencyjny prosty – Leica DM6 B
Zamrażarki niskotemperaturowe – C340 (New Brunswick Scientific), Igloo C820 (Telstar), MDF-DU502VH-PE (PHCbi)
System do chromatografii – Akta Start (GE/Cytiva)
System do analitycznej chromatografii HPLC – LC-2050C 3D (Shimadzu)
System do preparatywnej HPLC – LC-20AP (Shimadzu)
Wyparka próżniowa – B-100 (Buchi)
Liofilizator – FreeZone 4.5L (Labconco)
System do elektroforezy kapilarnej – QIAxcel (Qiagen)
Spektrofotometry UV/Vis – Nano-drop ND-1000, Pharmacia Biotech
Wirówki – AVANTI J-26 XPI (Beckman), Allegra X-22R (Beckman), 5415R (Eppendorf), Micro FC5515R (Ohaus)
Suszarka i cieplarka mikrobiologiczna (Binder)
Autoklawy – Varioklav 75S, Tuttnauer 2840EL-D
Systemy do wizualizacji żeli – ChemiDoc XRS+ (Bio-Rad), Smart Imaging (Vilber)
System do oczyszczania wody – Simplicity UV (Millipore)

PROJEKTY BADAWCZE

Aktualne projekty badawcze

2024-2028: „ Koordynacja cyklu komórkowego Mycobacterium – rola homologu białka ParA.” (NCN, Preludium Bis 5, nr 2023/50/O/NZ1/00103)
Kierownik projektu – D. Jakimowicz

2024-2028: „W poszukiwaniu mechanizmów molekularnych kontrolujących zależne od białka ParB zmiany architektury chromosomu Streptomyces.” (NCN, OPUS 25; nr 2023/49/NZ1/00781).
Kierownik projektu – M. Szafran

2024-2028: „Współdziałanie białek wiążących nukleoid i czynników transkrypcyjnych w regulacji ekspresji genów u bakterii produkujących antybiotyki.” (NCN, OPUS 25, nr 2023/49/B/NZ2/00356)
Kierownik projektu – D. Jakimowicz

2023-2027: „Identyfikacja nowych antybiotyków poprzez indukcję nieaktywnych klastrów genów.” (NCN, OPUS 24; 2022/47/B/NZ1/00556)
Kierownik projektu – B. Kepplinger

2022-2025: „Nowy system dwuskładnikowy u Streptomyces i jego rola w regulacji wzrostu oraz zwalczaniu konkurencji międzygatunkowej.” (NCN, SONATA 17; nr 2021/43/D/NZ2/00284)
Kierownik projektu – M. Gongerowska-Jac

2021-2025: “Architektura chromosomu i jego translokacja w asymetrycznie rosnących i dzielących się komórkach Mycobacterium” (NCN, OPUS 19; nr 2020/37/B/NZ1/0055)
Kierownik projektu – J. Zakrzewska-Czerwińska

2021-2024: “Jak komórki produkujących antybiotyki bakterii rosną i rozgałęziają się?” (NCN, SONATA 16; nr 2020/39/D/NZ1/00303)
Kierownik projektu – B. Kepplinger

Zakończone projekty badawcze (ostatnie 5 lat)

2019-2022: „Organizacja przestrzenna chromosomu podczas sporulacji Streptomyces – wpływ na podziały komórkowe, segregację chromosomów, przeżywalność i kiełkowanie zarodników.” (NCN, OPUS 16, nr 2018/31/B/NZ1/00614).
Kierownik projektu – D. Jakimowicz

2019-2022 „Pupylacja i acetylacja, dwie potranslacyjne modyfikacje lizyny i ich rola w regulacji topologii chromosomu Streptomyces”. (NCN, SONATA 14, nr 2018/31/D/NZ1/00287).
Kierownik projektu – M. Szafran

2019-2022: „Dynamika cyklu życiowego „żywego antybiotyku”, Bdellovibrio bacteriovorus, w trakcie drapieżnictwa na bakteriach chorobotwórczych”. (NCN, OPUS 15; nr. 2018/29/B/NZ6/00539).
Kierownik projektu – J. Zakrzewska-Czerwińska

2018-2022: „Mechanizm segregacji chromosomów u Mycobacterium – rola białek oddziałujących z ParA.” (NCN, OPUS 14; nr. 2017/27/B/NZ1/00823).
Kierownik projektu – D. Jakimowicz

2018-2021: “mIHF, a unique mycobacterial nucleoid associated protein and its role in chromosome organization and gene expression.” (NCN, SONATINA 2; nr. 2018/28/C/NZ1/00128).
Kierownik projektu – J. Hołówka

2018-2021: „Rola współpracy pomiędzy białkami HupA i HupS podczas wzrostu i odpowiedzi na stres środowiskowy bakterii Streptomyces.” (NCN, SONATINA 2; nr. 2018/28/C/NZ1/00241).
Kierownik projektu – A. Strzałka

2019-2020: „Globalna analiza transkrypcji genów zależnych od białka AdpA u bakterii Streptomyces w warunkach zmiennej dostępności tlenu.” (NCN, Miniatura 3).
Kierownik projektu – M. Wolański

2018-2019: „Biologiczna funkcja fosforylacji inicjatorowego białka DnaA ze Streptomyces coelicolor.” (NCN, Preludium 13).
Kierownik projektu – T. Łebkowski

2017-2020: „Białko Lsr2 jako globalny organizator chromosomu i czynnik transkrypcyjny u Mycobacterium – współdziałanie pomiędzy Lsr2 oraz białkami SMC i HupB.” (NCN, Opus 13).
Kierownik projektu – J. Zakrzewska-Czerwińska

2017-2020: „Architektura segrosomu bakteryjnego – współdziałanie topoizomerazy I i białka segregacyjnego ParB u Streptomyces”. (NCN, Harmonia 8).
Kierownik projektu – M. Szafran 2017-2019: „Narzędzie genetyczne do identyfikacji regulatorów topologicznie wrażliwego promotora genu kodującego topoizomerazę I u Streptomyces coelicolor.” (NCN, Preludium 12).
Kierownik projektu – M. Gongerowska-Jac

PUBLIKACJE