TEMATYKA BADAŃ

• Otrzymywanie i charakterystyka bionanomateriałów do specyficznych zastosowań medycznych.
• Charakterystyka własności domen białkowych PDZ, DH/PH, RGSL, palców cynkowych zaangażowanych w proces sygnalizacji komórkowej.
• Projektowanie mutantów ludzkiego kwaśnego czynnika wzrostu fibroblastów (FGF-1) o zwiększonej aktywności biologicznej.
• Ewolucja in vitro oparta o konstrukcję i selekcję bibliotek peptydów i białek prezentowanych na bakteriofagach.
• Badanie struktury i własności funkcjonalnej domeny DCX zaangażowanej w migrację neuronów i tworzenie kory mózgowej człowieka.
• Opracowanie wydajnej metody produkcji muskeliny, ludzkiego białka bogatego w cysteiny i uzyskanie jego kryształów pozwalające na szczegółowe badania strukturalne.

WYPOSAŻENIE NAUKOWE

• Spektropolarymetr CD Jasco J715
• Fluorymetry: Fluorolog3, Jaco FP-750
• Kalorymetr miareczkujący typu ITC- CSC III
• Różnicowy kalorymetr skaningowy typu DSC- CSC II
• Spektrofotometr diodowy HP8452
• Wytrząsarki termostatowaniem Inforce 4x
• Zestaw do dokumentacji żeli – Syngene G:box
• Czytniki ELISA Molceular Devices – SpectraMax Gemini XS, SpectraMax 340,
• HPLC Waters 486, Breeze, Dionex Ultimate 3000
• FPLC Pharmacia Akta Explorer i Prime
• Spektrometry mas Applied Biosystems typu ABI 4800 MALDI TOF/TOF i API 2000 LC MS/MS
• Biacore T3000
• Klaster obliczeniowy 22 procesory Xeon

WYBRANE DOKTORATY

• Zastosowanie automatycznych metod do określania struktur białek w roztworze techniką magnetycznego rezonansu jądrowego
• Zastosowanie peptydowych bibliotek prezentowanych na fagu M13 do określania specyficzności domen PDZ (Katarzyna Śmietana, 2007)
• Analiza konformacji i stabilności domen DCX i LisH występujących w białkach zaangażowanych w proces migracji neuronów (Agnieszka Mateja, 2007)
• Domeny PDZ białek wielodomenowych – specyficzność i allosteria (Marcin Paduch, 2008)

REPREZENTATYWNE TEMATY PRAC MAGISTERSKICH

• Charakterystyka domen elfiny
• Badanie specyficzności domen PDZ białka MUPP1
• Optymalizacja ekspresji i oczyszczanie muskeliny oraz charakterystya jej domeny diskoidynowej

PUBLIKACJE – WYBRANE PRACE

1. Kim, M.H, Cierpicki, T., Derewenda, U., Krowarsch, D., Feng, Y., Devedjiev, Y., Dauter, Y., Walsh, C.A., Otlewski, J., Bushweller, J.H. & Derewenda, Z.S. (2003) DCX-Domain Tandems of Doublecortin and Doublecortin-like Kinase: Implications for Microtubule Regulation. Nature Struct. Biol. 10, 324-333.
2. Zakrzewska, M., Krowarsch, D., Wiedlocha, A., Olsnes, S. Otlewski, J. (2005) Highly Stable Mutants of Human Fibroblast Growth Factor-1 Exhibit Prolonged Biological Action. J. Mol. Biol. 352, 860-875.
3. Zakrzewska M., Krowarsch D., Więdłocha A., Olsnes S., Otlewski J. Structural requirements of FGF-1 for receptor binding and translocation into cells Biochemistry, 2006, 45, 15338-15348
4. Pasternak O., Bujasz G.D., Fujimoto Y., Hashimoto Y., Jeleń F., Otlewski J., Sikorski M.M., Jaskólski M. Crystal structure of Vigna radiata cytokin-specific binding protein in complex with zeatin Plant Cell, 2006, 18, 2622-2634
5. Mateja A., Cierpicki T., Paduch M., Derewenda Z.S., Otlewski J. The dimerization mechanism of Lis1 and its implication for proteins containing the LisH motif J. Mol. Biol., 2006, 357, 621-631
6. Białas A., Trembecka J., Krowarsch D., Otlewski J., Potempa J., Mucha A. Exploring the Sn Binding Pockets in Gingipains by Newly Developed Inhibitors: Structure-based Design, Chemistry and Activity J. Med. Chem., 2006, 46, 1744-1753
7. Oleksy A., Opaliński Ł., Derewenda U., Derewenda Z.S., Otlewski J. The molecular basis of RhoA specificity in the guanine nucleotide exchange factor PDZ-RhoGEF J. Biol. Chem., 2006, 281, 32891-32897
8. Kiędzierska A., Śmietana K., Czepczyńska H., Otlewski J. Structural similarities and functional diversity of eukaryotic discoidin-like domains Biochim. Biophys. Acta, 2007, 1774, 1069-78
9. Paduch M., Biernat M., Stefanowicz P., Derewenda Z.S., Szewczuk Z., Otlewski J. Bivalent peptides as models for multimeric targets of PDZ domains ChemBioChem, 2007, 8, 443-452
10. Jeleń F., Lachowicz P., Apostoluk W., Mateja A., Derewenda Z.S., Otlewski J. Dissecting the thermodynamics of GAP-RhoA interactions J Struct. Biol., 2009, 165, 10-8

PROJEKTY BADAWCZE

• Projekt badawczy MNiSW, Selekcja wariantów opartych o motyw trzech helis alfa i zastosowanie ich w diagnostyce chorób nowotworowych (2007-2012), kierownik: prof. Jacek Otlewski
• Projekt badawczy MNiSW, Badanie mechanizmu działania FGF-1: jego translokacji i aktywacji receptora (2007-2012), kierownik: prof. Jacek Otlewski
• Projekt badawczy MNiSW, Strukturalna i funkcjonalna analiza domen białkowych towarzyszących motywowi LisH uczestniczącemu w patogenezie chorób neurologicznych (2007-2009) kierownik: dr Filip Jeleń
• Zakład Inżynierii Białka Wydziału Biotechnologii Uniwersytetu Wrocławskiego realizuje wraz z firmą Celon Pharma S.A. Spółka Akcyjna projekt „Nowa terapia cukrzycy z zastosowaniem analogu białka FGF1” nr POIR.04.01.04-00-0117/15. Projekt prowadzony jest w ramach Działania 4.1 „Badania Naukowe i prace rozwojowe” Programu Operacyjnego Inteligentny Rozwój 2014 – 2020 i współfinansowany jest ze środków Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego. Ze strony Uniwersytetu Wrocławskiego projekt koordynowany jest przez Prof. dr hab. Jacka Otlewskiego. Okres realizacji zadań przypada na lata 2016-2021.
• Celem projektu jest opracowanie innowacyjnego i oryginalnego leku przeciwcukrzycowego, który stanowić będzie alternatywną terapię cukrzycy typu II, nieobarczoną skutkami ubocznymi.”