Zakład Bioinformatyki i Genomiki
KIEROWNIK
prof. dr hab. Paweł Mackiewicz
- Członek Polskiego Towarzystwa Genetycznego od 2001 roku
- Członek Polskiego Towarzystwa Bioinformatycznego od 2007 roku
- Członek konsorcjum Centrum Badań nad Fauną Plejstocenu Europy od 2012 roku
- Członek Nematologicznego Centrum Diagnostyczno-Szkoleniowego, Pracownia
- Technik Molekularnych, od 2010
PRACOWNICY
TEMATYKA BADAŃ
- Rozpoznawanie sekwencji kodujących białko
- Geny zachodzące i generowanie nowych sekwencji kodujących
- Analizy struktury genomów prokariotów i eukariotów
- Symulacje komputerowe i modelowanie ewolucji genów, chromosomów, genomów i
- populacji
- Rola międzygenomowej rekombinacji i krzyżowania wsobnego w specjacji
- sympatrycznej
- Analiza przyczyn zwiększonej częstości defektów genetycznych po
- zapłodnieniu in vitro
- Filogeneza i ewolucja molekularna różnych genów i białek, uwzględniając
- kopalny DNA
- Zjawisko endosymbiozy i ewolucji plastydów pierwotnych i złożonych
WYPOSAŻENIE NAUKOWE
- 10 komputerów w homogennym klastrze komputerowym (węzeł: CPU I7-4790K CPU @ 4.00GHz, RAM 32 GB)
- 12 komputerów w homogennym klastrze komputerowym (węzeł: CPU I7 920 @2.67 GHz ,RAM 6 GB)
- 6 maszyn liczących różnego typu
- projektor multimedialny
OSTATNIE DOKTORATY
- Ewolucja systemów transportu białek w plastydach pierwotnych i chromatoforach Paulinella (Przemysław Gagat 2014).
- Wykorzystanie sztucznych sieci neuronowych i algorytmu genetycznego do badania proteomów (Maciej Sobczyński 2014).
- Generowanie długich otwartych ramek odczytu w genomach prokariotycznych (Krystian Bączkowski 2014).
- Komputerowe modelowanie zjawisk towarzyszących komplementacji haplotypów (Wojciech Waga 2012).
Analiza i symulacje komputerowe zmienności punktu izoelektrycznego białek w proteomach (Joanna Kiraga 2008). - Zależność tempa ewolucji od wielkości puli genetycznej (Kamila Smolarczyk, 2007).
- Stabilność genów w zależności od długości sekwencji kodującej (Natalia Polak, 2007).
REPREZENTATYWNE TEMATY PRAC MAGISTERSKICH
- Zastosowanie łańcuchów Markowa do wykrywania sekwencji kodujących w genomach prokariotycznych (Małgorzata Wańczyk, 2011).
- Generowanie zachodzących, otwartych ramek odczytu w genomach prokariotów (Marlena Szawan, 2011).
Wykorzystanie wielowymiarowych analiz statystycznych do klasyfikacji proteomów (Joanna Snoch-Bajek, 2010). - Ewolucja i filogeneza białka DnaA (Anna Cebula, 2009).
- Genetyczna analiza regionów sąsiadujących z genami MHC (Anna Sroka, 2009)
- Analiza sygnałów związanych z terminacją translacji u prokariota (Krzysztof Susłowicz, 2008).
- Analiza funkcjonalna dystrybucji genów na chromosomach ludzkich (Paweł Jarosz, 2008)
- Sympatryczna specjacja (matematyka Marta Zawierta, 2007).
- Modelowanie wielkości genomów – poliploidyzacja (matematyka, Diana Garncarz, 2006).
- Modelowanie ewolucji bioróżnorodności (matematyka, Marek Wolfigiel, 2006).
- Rozmieszczenie gorących miejsc rekombinacji w genomach eukariotycznych (Katarzyna Kwaśniewska, 2006).
- Wykorzystanie macierzy substytucji aminokwasowych do symulacji ewolucji genów (Paweł Wołyniec, 2006).
- Wartość selekcyjna genów w zależności od czasu ich ekspresji (Andżelika Stożek, 2006).
Lista wszystkich publikacji
UDZIAŁ W PROGRAMACH BADAWCZYCH
- European Science Foundation – COST Action P10 – Physics of Risk – Participant and Management Committee Member.
- European Science Foundation – COST Action MP0801– Physics of Competition and Conflicts, Participant and Management Committee Member.
- FP6 Program: NEST – General Integration of the Applications of Complexity in Science (GIACS) .Participant
