PRACOWNICY

prof. dr hab. Stanisław Cebrat

• Członek Polskiego Towarzystwa Genetycznego
• Członek GIACS DataBases Committee
• Członek GIACS Assessment and Evaluation Committee
• Członek European Complex Systems Society
• Członek Rady Naukowej Katedry Studiów Interdyscyplinarnych UNESCO
• Członek Komitetu Redakcyjnego: Int. J. Mod. Phys C, Archea, J. Appl. Genet.

• dr hab. Dorota Mackiewicz
• dr hab. Paweł Błażej
• dr Przemysław Gagat
• mgr inż. Sebastian Nowaliński

DOKTORANCI

(KEBB pokój 1.18, tel. 71 375 7063)

• mgr Katarzyna Bońkowska
• mgr Małgorzata Grabińska
• mgr Piotr Posacki
• mgr Michał Burdukiewicz
• mgr Joanna Ziobro

TEMATYKA BADAŃ

• Rozpoznawanie sekwencji kodujących białko
• Geny zachodzące i generowanie nowych sekwencji kodujących
• Analizy struktury genomów prokariotów i eukariotów
• Symulacje komputerowe i modelowanie ewolucji genów, chromosomów, genomów i
• populacji
• Rola międzygenomowej rekombinacji i krzyżowania wsobnego w specjacji
• sympatrycznej
• Analiza przyczyn zwiększonej częstości defektów genetycznych po
• zapłodnieniu in vitro
• Filogeneza i ewolucja molekularna różnych genów i białek, uwzględniając
• kopalny DNA
• Zjawisko endosymbiozy i ewolucji plastydów pierwotnych i złożonych

WYPOSAŻENIE NAUKOWE

• 10 komputerów w homogennym klastrze komputerowym (węzeł: CPU I7-4790K CPU @ 4.00GHz, RAM 32 GB)
• 12 komputerów w homogennym klastrze komputerowym (węzeł: CPU I7 920 @2.67 GHz ,RAM 6 GB)
• 6 maszyn liczących różnego typu
• projektor multimedialny

OSTATNIE DOKTORATY

• Ewolucja systemów transportu białek w plastydach pierwotnych i chromatoforach Paulinella (Przemysław Gagat 2014).
• Wykorzystanie  sztucznych sieci neuronowych i  algorytmu genetycznego do badania proteomów (Maciej Sobczyński 2014).
• Generowanie długich otwartych ramek odczytu w genomach prokariotycznych (Krystian Bączkowski 2014).
• Komputerowe modelowanie zjawisk towarzyszących komplementacji haplotypów (Wojciech Waga 2012).
  Analiza i symulacje komputerowe zmienności punktu izoelektrycznego białek w proteomach (Joanna Kiraga 2008).
• Zależność tempa ewolucji od wielkości puli genetycznej (Kamila Smolarczyk, 2007).
• Stabilność genów w zależności od długości sekwencji kodującej (Natalia Polak, 2007).

REPREZENTATYWNE TEMATY PRAC MAGISTERSKICH

• Zastosowanie łańcuchów Markowa do wykrywania sekwencji kodujących w genomach prokariotycznych (Małgorzata Wańczyk, 2011).
• Generowanie zachodzących, otwartych ramek odczytu w genomach prokariotów (Marlena Szawan, 2011).
  Wykorzystanie wielowymiarowych analiz statystycznych do klasyfikacji proteomów (Joanna Snoch-Bajek, 2010).
• Ewolucja i filogeneza białka DnaA (Anna Cebula, 2009).
• Genetyczna analiza regionów sąsiadujących z genami MHC (Anna Sroka, 2009)
• Analiza sygnałów związanych z terminacją translacji u prokariota (Krzysztof Susłowicz, 2008).
• Analiza funkcjonalna dystrybucji genów na chromosomach ludzkich (Paweł Jarosz, 2008)
• Sympatryczna specjacja (matematyka Marta Zawierta, 2007).
• Modelowanie wielkości genomów – poliploidyzacja (matematyka, Diana Garncarz, 2006).
• Modelowanie ewolucji bioróżnorodności (matematyka, Marek Wolfigiel, 2006).
• Rozmieszczenie gorących miejsc rekombinacji w genomach eukariotycznych (Katarzyna Kwaśniewska, 2006).
• Wykorzystanie macierzy substytucji aminokwasowych do symulacji ewolucji genów (Paweł Wołyniec, 2006).
• Wartość selekcyjna genów w zależności od czasu ich ekspresji (Andżelika Stożek, 2006).

PUBLIKACJE

Wybrane prace (10 prac po 2005 r.)

• Paweł Mackiewicz, Andrzej Bodył, Przemysław Gagat (2012) Possible import routes of proteins into the cyanobacterial endosymbionts/plastids of Paulinella chromatophora. Theory in Biosciences 131 (1) , pp. 1-18
• Krzysztof Moszczyński, Paweł Mackiewicz, Andrzej Bodył (2012) Evidence for horizontal gene transfer from bacteroidetes bacteria to dinoflagellate minicircles. Molecular Biology and Evolution 29 (3) , pp. 887-892
• Dorota Mackiewicz, Marta Zawierta, Wojciech Waga, Stanisław Cebrat (2010) Genome analyses and modelling the relationships between coding density,recombination rate and chromosome length. Journal of Theoretical Biology 267 (2) , pp. 186-192
• Przemysław Biecek, Stanisław Cebrat (2008) Why Y chromosome is shorter and women live longer? European Phys. J. B. (65). 149-153
• Paweł Mackiewicz, Przemysław Biecek, Dorota Mackiewicz, Joanna Kiraga, Krystian Bączkowski, Maciej Sobczyński, Stanisław Cebrat (2008) Optimisation of asymmetric mutational pressure and selection pressure around the universal genetic code. Lecture Notes in Computer Science (5103). 100 -109
• Marta Zawierta, Wojciech Waga, Dorota Mackiewicz, Przemysław Biecek, Stanisław Cebrat (2008) Phase Transition in Sexual Reproduction and Biological Evolution. Int. J. Mod. Phys. C 6 (19). 917-936
• Joanna Kriaga, Paweł Mackiewicz, Dorota Mackiewicz, Maria Kowalczuk, Przemysław Biecek, Natalia Polak, Kamila Smolarczyk, Mirosław Roman Dudek, Stanisław Cebrat (2007) The relationships between the isoelectric point and: length of proteins, taxonomy and ecology of organisms. BMC Genomics 8. 163
• Wojciech Waga, Dorota Mackiewicz, Marta Zawierta, Stanisław Cebrat (2007) Sympatric speciation as intrinsic property of expanding populations. Theory in Biosciences 126 . 53-59
• Michael Masa, Stanisław Cebrat, Dietrich Stauffer (2006) Does telomere elongation lead to a longer lifespan if cancer is considered? Physica A 364. 324-330
• Małgorzata Dudkiewicz, Paweł Mackiewicz, Dorota Mackiewicz, Maria Kowalczuk, Aleksandra Nowicka, Natalia Polak, Kamila Smolarczyk, Joanna Kiraga, Mirosław Roman Dudek, Stanisław Cebrat (2005) Higher mutation rate helps to rescue genes from the elimination by selection. Biosystems 80 . 192-199

Lista wszystkich publikacji

UDZIAŁ W PROGRAMACH BADAWCZYCH

• European Science Foundation – COST Action P10 – Physics of Risk – Participant and Management Committee Member.
• European Science Foundation – COST Action MP0801– Physics of Competition and Conflicts, Participant and Management Committee Member.
• FP6 Program: NEST – General Integration of the Applications of Complexity in Science (GIACS) .Participant